小产权房拆迁的补偿一方面应该根据市场价和区位差价，采用城市房屋拆迁估价来机选总体的补偿范围，另一方面考虑土地出让金和相关房产税的情况，参考当地农民住宅拆迁的方法。在拆迁的过程中实行公平公正的标准，主要的补偿有货币补偿、房屋产权调换和二者相结合的方法。
不同地区对于小产权房的补偿标准是不一样的，而且获得的补偿要比商品房要低很多。小产权房如果遇到拆迁要积极的与拆迁人员协调处理，具体获得的赔偿应该参照当地拆迁补偿标准和签署的拆迁安置协议为准。
小产权房在拆迁的过程中能否获得补偿是主要是根据合同的有效性，合同有效就能获得补偿，合同无效则无法补偿，主要情况有以下几种。
1、如果小产权房的房子向本集体的成员出售并且取得了相关组织的批准和认可，合同是有效合同，拆迁的时候会获得补偿。
2、如果小产权房卖给了非本集体成员，但是购买者获得了集体组织的相关批准，合同是属于有效合同，拆迁会获得补偿。
3、如果小产权房向本集体意外的人出售，就是属于无效合同，在这种情况下，要首先认定所涉房屋的所有权是属于农村集体经济组织或属于宅基地使用人所有，可以获得补偿，但是拆迁的补偿只能由所有权人即集体经济组织及其成员享有。
4、如果小产权房是属于违法建筑，根据《城市房屋拆迁管理条例》第22条第2款“拆除违章建筑和超过批准期限的临时建筑，不予补偿”的规定。这种情况小产权房是无法获得拆迁补偿的。
小产权房的土地使用权是当地村委会或乡政府所有的，所以拆迁的补偿会给当地的村委会或乡政府，不会直接给小产权房的购房者，所以购房者要积极与拆迁人员和村委会或乡政府进行积极的沟通，保障自己的权益。
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