一般来讲，对于国有土地上的棚户区改造，房屋补偿应当由具有相应资质的房地产价格评估机构按照房屋征收评估办法评估确定。补偿可以参考就近区位类似结构的商品房的价格。
补偿方式通常分为货币补偿和产权调换两种。货币补偿包括被征收房屋价值补偿、搬迁费、临时安置费、停产停业损失补偿费、外迁补助费、其他补助费等。而产权置换一般是拆一还一，在同等区位中，能做到1:1进行房屋置换就算是合理补偿。这两种拆迁补偿方式，被拆迁人可以自由选择。
集体土地上房屋的棚户区拆迁补偿，通常也是分为货币补偿和产权调换两种方式。如果棚改区域是农村集体土地，但该片区处于城市规划区范围之内，则也可以参考国有土地上房屋的征收补偿标准进行补偿。产权调换也可以参照国有土地上房屋征收产权置换的标准。
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